Bertioga conta com duas trilhas abertas para atividades de ecoturismo. A Trilha do Guaratuba, com nível médio de dificuldade, tem 4 km de extensão, apresenta travessia de rio, passando por áreas de restinga baixa e alta, mata de encosta e mata ombrófila densa.

Já a Trilha d’Água permite conhecer o processo de mudança da vegetação de Mata Atlântica preservada, passando pelo manguezal, restinga, mata palutosa, de encosta e ombrófila densa. Possui atrativos culturais, com a passagem pela linha do bondinho da Usina Itatinga e a ponte de ferro do Rio Guaranduva. Com 2,7km de extensão, esta trilha é de nível médio de dificuldade.

O acesso às trilhas é restrito e deve ser feito com o acompanhamento de monitores.